Az egészséges hüvelyflórát közismerten Lactobacillus baktériumok dominálta mikrobiális közösség alkotja, melyek tejsavat és hidrogén-peroxidot termelnek, így a hüvely savas pH-ját (4,5 alatt) fenntartják. Ez az egyensúly (eubiózis) kulcsfontosságú a női reproduktív rendszer megfelelő működése szempontjából. A mikrobiom összetételét dinamikusan befolyásolja a hormonális ciklus, a táplálkozás, a szexuális élet, a higiénia, illetve egyes gyógyszerek, különösen az antibiotikumok és a fogamzásgátlók.
Egy tanulmány szerint a hüvelyi mikrobiom öt fő típusba sorolható (Community State Types – CST I-V), melyek közül négy Lactobacillus-domináns (CST I, II, III, V), míg a CST IV típusban ezek hiányoznak. Az alábbi négy Lactobacillus faj: L. iners, L. crispatus, L. gasseri és L. jensenii a legelterjedtebb baktérium a tünetmentes reproduktív korú nőkben. A CST IV csoport alul reprezentálva vagy egyáltalán nem tartalmaz Lactobacillusokat. Ezen mikrobiális közösség tagjai a tejsavat termelő obligát vagy fakultatív anaerob baktériumok (köztük a Prevotella, Dialister, Atopobium, Gardnerella, Megasphaera). Ismert, hogy a hüvelyi mikrobiális ökoszisztéma a legstabilabb L. crispatus prevalencia esetén. A Lactobacillus-domináns (CST I, III) hüvelyi közösségek gyakran társulnak nagyobb teherbeesési eséllyel. Míg a CST IV és V jelenléte alacsonyabb implantációs és klinikai terhességi arányokkal hozható összefüggésbe.
A hüvelyflóra egyensúlyának felborulása, azaz diszbiózisa, növeli a fertőzések, például a bakteriális vaginózis, STD-k, húgyúti fertőzések és a meddőség kockázatát. A bakteriális vaginózis a hüvelyi normál Lactobacillus-flóra eltűnésével járó kóros, diszbiotikus állapot, melynek során a tejsavbaktériumok dominanciáját vegyes, elsősorban Gardnerella vaginalis, Atopobium vaginae, Mycoplasma hominis, Peptostreptococcus és Prevotella fajokból álló közösség váltja fel. A diszbiózist sokféle baktérium okozhatja, melyek közül egyiknek sincs kizárólagos szerepe, és kis csíraszámban gyakorlatilag mindegyik kimutatható az egészséges nők hüvelyváladékából is. Bakteriális vaginózis a termékeny korú nők 20–30%-ánál fordul elő.
Kimutatták, hogy meddőségi kezelések során a normál mikrobiom megléte jelentősen növeli a terhesség esélyét: normál flóra esetén a sikeres beágyazódás aránya 44%, míg diszbiózis esetén csak 9%. A Gardnerella, Prevotella és Atopobium fajok túlsúlya gyakori ismeretlen eredetű meddőségben. Emellett visszatérő vetélések hátterében is gyakran található Gardnerella, Mycoplasma genitalium, Ureaplasma parvum és Atopobium fajok.
Terhesség alatt a nem Lactobacillus-domináns mikrobiom fokozza a koraszülés, vetélés és fertőzések kockázatát. A magasabb mikrobiális diverzitás gyakran koraszüléssel jár együtt. Különösen a CST IV közösségi típus gyakrabban fordul elő koraszülés esetén. Noha több vizsgálat is foglalkozik a mikrobiom és a terhesség kapcsolatával, a koraszüléshez köthető specifikus baktériummarkereket még nem sikerült egyértelműen azonosítani.
Egy friss kutatás azt is jelezte, hogy a HPV-fertőzés és a méhnyakrák összefüggésben állhat a hüvelyi mikrobiom állapotával: a Lactobacillusok csökkenése növelheti a HPV perzisztálását és aktiválódását.
Összefoglalva: a hüvelyi mikrobiom fontos szerepet játszik a női termékenységben. A mikrobiom összetételének vizsgálata ígéretes diagnosztikai és terápiás lehetőséget jelenthet, különösen az ismeretlen eredetű meddőség eseteiben. A jövőben megfontolandó lehet a mikrobiom szűrés bevezetése a meddőségi kezelések során.